Naast een aantal algemene onderscheidingen heeft het KNCV-bestuur in overleg met een aantal secties prijzen ingesteld voor het stimuleren van jong talent in verschillende vakgebieden. Deze prijzen zijn voor jonge onderzoekers en promovendi aan de Nederlandse universiteiten en worden in sommige gevallen mede mogelijk gemaakt door schenkingen van particulieren.
Hieronder een opsomming van de gezamenlijke KNCV-sectie prijzen.
Dutch Catalysis Society
KNCV Katalyseprijs (DCS Thesis Award, 2-jaarlijks)
Netherlands Catalysis and Chemistry Award (5 jaarlijks)
Sectie Analytische Chemie
KNCV Kolthoffprijs (2-jaarlijks)
KNCV Van Deemterprijs (jaarlijks)
Sectie Organische Chemie
KNCV Backer-prijs (jaarlijks)
Nederlandse Vereniging voor Kristalgroei
KNCV Piet Bennema Prijs voor Kristalgroei (3-jaarlijks)
Nederlandse Vereniging voor Kristallografie
KNCV-Prijs voor Kristallografie (4-jaarlijks)
Sectie Milieuchemie
KNCV-Prijs Milieuchemie (-toxicologie en -technologie) (2-jaarlijks)
Sectie Macromoleculen
KNCV-Prijs Polymeerchemie/-technologie (2-jaarlijks)
Sectie Soft Matter
KNCV Van Arkelprijs (2-jaarlijks)
Division Medicinal Chemistry & Chemical Biology
KNCV-MCCB PhD Thesis Prize (2-jaarlijks)
