Mensen kunnen soms onaangename geuren produceren. Methaanthiol is een molecuul dat hier medeverantwoordelijk voor is. Je kunt het onder andere ruiken bij zweetvoeten, slechte adem en winden. Het komt van nature voor in bloed en hersenen van mensen en dieren, waarbij de darmen de stof in relatief grote hoeveelheden produceren.
Bovendien zijn verschillende bacteriën op de huid en in de mondholte aanwezig die het aminozuur methionine omzetten in methaanthiol. Daarnaast hebben sommige mensen een mutatie in het gen SELENBP1, waardoor bij hen het eiwit ontbreekt dat methaanthiol in de mond juist afbreekt. Deze mutatie komt naar schatting voor bij 1 op de 90.000 mensen en is slechts deels verantwoordelijk voor een slechte adem.
De onprettige geur van methaanthiol komt van pas bij het detecteerbaar maken van het oorspronkelijk geurloze aardgas. Methaanthiol wordt samen met andere sterk geurende thiolen in lage hoeveelheid toegevoegd aan aardgas zodat je kunt ruiken als je het gas (per ongeluk) aan hebt laten staan.